Сюжет можно сказать совершенно свободный. Кроме как одного. В середине третьей мировой воины шиноби появилась новая секретная организация (не Акацке). Она называлась Фукаки. Все члены - киборги с человеческими мозгами пренадлежавшие юным умершим генинам и чуунинам которые умерли до 15 лет. Организация Фукаки - антипод Акацук. И кроме секретности не имеют ничего общего с ними. И как раз цель Фукаки - уничтожения Акацук. Их тела в несколько раз сильнее и тежелее чем у обычных людей. Тем не менее, их можно совсем не отличить от людей (конечно только внешне). Использовать ниндзютсу и техники управления стихиями они не могут, если не считать электрического разряда (но это может стоить им жизнью или сознанием). Гендзютсу использовать также не могут, но использовать гендзютсу против них тоже без толку (они ему не подаются). Тайдзютсу (в смысле как рукопашный бой) они могут. Яд против не живых организмов бессмыслен. В их телах могут быть скрыты оружия (типа ядовитых сен-бон, кунаев, сюрикенов; катаны и т.п.). В остольном сюжет свободный, влюблятся возможно в кого угодно. В отношениях героев, не обязательно следовать даже аниме, но как вам захочится.